雖然小型餐廚垃圾處理設(shè)備占地面積減小,運(yùn)行費(fèi)用和能耗降低，運(yùn)輸時(shí)間和成本減少，但是在目前使用過(guò)程中小型餐廚垃圾處理設(shè)備仍然存在一些問(wèn)題。
  1.餐廚垃圾很難實(shí)現(xiàn)完全徹底的處理。 由于小型餐廚垃圾處理設(shè)備減少了設(shè)備的體積，一些大型生產(chǎn)線包括的處理系統(tǒng)就必須相應(yīng)地進(jìn)行精簡(jiǎn)，所以小型餐廚垃圾處理設(shè)備降解方法單一，對(duì)于成分復(fù)雜的餐廚垃圾無(wú)法針對(duì)性地進(jìn)行處理。 同時(shí)設(shè)備所能容納的餐廚垃圾量減少，投入的餐廚垃圾必須及時(shí)排出，可能會(huì)造成垃圾腐熟度不夠，需要在后期做進(jìn)一步處理。
  2.設(shè)備集成化程度不夠，占地面積不夠小. 雖然小型餐廚垃圾處理設(shè)備的占地體積相對(duì)于大型生產(chǎn)線明顯減小，但是相對(duì)于其他家用電器的體積仍然顯得龐大，而且這是建立在大型生產(chǎn)線處理系統(tǒng)精簡(jiǎn)的基礎(chǔ)上，對(duì)餐廚垃圾的處理效果也造成了一定的影響。
  3.餐廚垃圾微生物處理菌種研究針對(duì)性不強(qiáng)。由于我國(guó)區(qū)域性比較強(qiáng)，地方飲食文化、生活習(xí)慣存在較大差異，因此餐廚垃圾在性質(zhì)及組成上會(huì)有所不同，這對(duì)餐廚垃圾的微生物處理具有一定影響。而小型餐廚垃圾處理設(shè)備對(duì)投入的餐廚垃圾不再進(jìn)行分揀，在進(jìn)行簡(jiǎn)單預(yù)處理后，主要是通過(guò)高效的微生物菌劑對(duì)餐廚垃圾混合物進(jìn)行發(fā)酵降解。目前仍然沒(méi)有開(kāi)發(fā)出一種高效的、廣泛適用于任何成分的餐廚垃圾處理菌劑。
  4.油水分離裝置得不償失。 對(duì)于廢油脂的回收，一般油脂回收設(shè)備在處理量達(dá) 50 ～ 200 t 以上才能產(chǎn)生效益，較適合大規(guī)模的集中處理廠應(yīng)用，而現(xiàn)階段，在小型處理設(shè)備上安裝油水分離裝置是件得不償失的事，這也是我國(guó)小型餐廚垃圾處理設(shè)備普遍存在的問(wèn)題。
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